Valtion koulukodit on vaativan sijaishuollon ja vaativan erityisen tuen perusopetuksen valtakunnallinen palveluntuottaja. Valtion koulukotien toiminnasta on säädetty laissa Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen alaisista lastensuojeluyksiköistä (1379/2010). THL sekä opetushallitus vastaavat koulukotitoiminnan ja koulukodeissa järjestettävän opetuksen tulosohjauksesta. Valtion koulukodeilla on johtokunta, jonka Terveyden ja hyvinvoinnin laitos asettaa neljäksi kalenterivuodeksi kerrallaan.

Hallintojohtaja johtaa Valtion koulukotien yleishallintoa ja vastaa esihenkilönä hallintoyksikön palvelukyvystä ja toiminnan kehittämisestä. Hallintoyksikön toimialaan kuuluvat mm. viraston työnantajatoiminta, talous- ja tietohallinto, sekä erilaiset muut koulukotitoimintaa tukevat palvelut. Hallintojohtaja on Valtion koulukotien johtoryhmän jäsen. Lisäksi hallintojohtaja toimii viraston palkkausjärjestelmän arviointi- ja kehittämistyöryhmässä, yhteistoiminta- ja työsuojelutoimikunnassa, sekä vastaa Valtion koulukotien konsernitasoista varautumisesta ja jatkuvuussuunnittelusta.