Pääjohtaja johtaa Turvallisuus- ja kemikaaliviraston toimintaa sekä vastaa viraston toiminnan kehittämisestä ja tuloksellisuudesta sekä tavoitteiden saavuttamisesta. Pääjohtajan tehtävistä säädetään tarkemmin Turvallisuus- ja kemikaalivirastosta annetussa laissa (1261/2010). Pääjohtajan nimittää valtioneuvosto.